Shirou s'inquiète de plus en plus pour sakura, il pense que Shinji la maltraite. Il fait la connaissance de Matou Zouken un soir où il veut s'assurer que Sakura est bien rentrée.
Après l'invocation de Saber, celle-ci blesse Archer, et le combat contre Berserker se passe comme dans le scénario Fate : défaite de Saber et Shirou.
Comme Saber lui en avait parlé, Shirou à Kotomine de lui parler de Kiritsugu : un tueur de magus embauché par les Einsbern.
Kiritsugu a tenté de détruire le Graal, trahissant les Einsbern et Saber, ce qui explique pourquoi Ilya était venue pour le tuer - et pourquoi elle jette son dévolu sur Shirou.
Durant une ronde de nuit, Saber et Shirou rencontrent Rider et Shinji aggressant une femme. Rider battue sans grande résistance, Zoukn arrive et ordonne à Shinji de laisser tomber.
D'après Zouken, Sakura n'est pas au courant de la Guerre, ce qui rassure Shirou.
A l'église, Shirou affirme que même si ses ennemis ont 500 et 1000 ans, il se battra.

Rin, à l'école, n'est pas contente de l'attitude de Shirou qui vient sans Saber, mais rien de plus comme dans UBW. Rin fait mention d'un Master au Ryuudouji.
Sakura, de son côté, a de plus en plus de moments de faiblesse, s'effondrant dans la salle de bain.
La nuit, Assassin est abattu par une ombre, et "quelque chose" sort de son corps ; ce quelque chose tue ensuite Kuzuki.
Lorsque Saber et Shirou arrive, ils trouvent Caster, au bord de la folie suite à la mort de Kuzuki ; Saber la tue très vite. L'ombre absorbe la maryoku de Caster après le départ de Saber et Shirou.

Au parc, Shirou discute avec Ilya, qui lui montre une illusion de son château.
Shirou et Sakura sont de plus en plus proches. Sakura demande à Shirou ce qu'il ferait si elle devait devenir quelqu'un de mauvais.
La nuit, Lancer, inspectant le Ryuudouji, est abattu par le Zabaniya de True Assassin alors que l'ombre détournait son attention.

Rin a du mal à croire que Shirou a vaincu Caster : il y a toujours quelqu'un au Ryuudouji.
Confirmé par Kotomine au restaurant, qui annonce au passage qu'il n'est plus l'ennemi de Shirou, puisqu'il a perdu son Servant. Première nouvelle.
Kotomine parle de Zouken à Shirou.
La nuit, Shirou et Saber croisent Archer et Rin, et abattent rapidemment Zouken et l'ombre de Caster qu'il manipule. Arrive une autre ombre qui avale Shirou un court instant avant de le relâcher.

La nuit suivante, Shirou et Saber retournent au Ryuudouji, mais sont séparés. Saber est dévorée par l'ombre pendant son combat contre l'autre Assassin.
Alors que True Assassin menace Shirou, c'est une Rider visiblement bien plus puissante que l'autre jour qui le sauve. Sur ordre de son Master, apparemment.
Gilgamesh discute avec Kotomine de ses intentions d'arrêter l'ombre qui tue au hasard, contrairement à lui qui tue par dégoût.

Quand Shirou demande assistance à Rin, celle-ci lui demande en échange de faire "quelque chose qu'il peut faire et dont elle n'est pas capable", nommant un certain Kishua. Elle sait visiblement que le Renforcement de Shirou peut évoluer en Tracing.
De retour chez lui, Shirou se voit demdaner par Shinji de venir à l'école sans Saber : il détient Sakura.
Là, Shinji affirme qu'il a tout raconter à Sakura, qu'il menace d'un couteau. Il veut que Shirou affronte Rider seul.
Shirou utilise le Renforcement sur lui-même pour se défendre des attaques de Rider - qui est redevenue plus faible qu'au Ryuudouji.
Finalement, Shirou peut frapper Shinji et libérer Sakura. Rin et Archer interviennent.
Alors que Shinji perd à nouveau son livre de sorts, la puissance de Rider monte à nouveau très rapidemment. Puis elle se place entre Sakura et Shinji qui la menace... Défendant son Master.
A l'église, Sakura, mal en point, est soignée par Kotomine. Elle est sous le contrôle des vers de Zouken et représente donc un grave danger.
Rin révèle à Shirou que Sakura et elle sont soeurs. Sakura avait été prise en charge par les Matou pour prendre la tête de la famille en remplacement de Shinji, puisque la famille Matou n'a plus de magie depuis longtemps.
Kotomine demande à Shirou qui il sauvera, Archer lui demande qui il tuera. Finalement, Archer "abandonne son objectif initial".
Après avoir réfléchi seul au parc et avoir discuter avec Ilya, Shirou décide qu'il protégera Sakura quoi qu'il arrive.
Rin, par contre, a décidé de la tuer. Shirou, qui s'interpose, est donc son ennemi.
En fin de compte, Rin conclue que si Sakura veut se défendre, elle peut toujours tenter d'obtenir le Graal.
Plus tard dans la nuit, Sakura rejoint Shirou dans sa chambre.

Shirou va demander son aide à Ilya. Arrivé près du château Einsbern, il croise Rin et Archer... Et Berserker affrontant l'ombre, le nouvel Assassin, et une Black Saber, dirigés par Zouken.
Berserker est vaincu par l'ombre, et Shirou comprend qu'il n'a plus rien à dire à Saber.
Pendant qu'Archer sauve Rin au prix d'une blessure mortelle, Shirou sauve Ilya au prix de son bras gauche.
Se réveillant à l'église, Shirou a d'étrange visions de différentes armes connues d'Archer.
Soigné par Ilya et Kotomine, Shirou a visiblement reçu le bras gauche d'Archer qui est, depuis, mort de sa blessure. Ilya indique qu'elle savait qu'il n'y aurait pas de rejet, Kotomine ne comprend pas.
Quoi qu'il en soit, la bras d'Archer est maintenant le bras de Shirou. Mais s'il se sert ne serait-qu'une seul fois de la magie d'Archer, il réveillera ses circuits magiques, et la mort de Shirou ne sera plus qu'une question de temps.
C'est pourquoi le suaire de Martin, qui rend muette toute forme de sorcellerie, est enroulé autour de ce bras gauche. Shirou ne doit absolument pas l'enlever.
Ilya et Rin semblent préparer quelque chose concernant le vieux magicien Kishua Zel Schweinorg quelque chose. Shirou comprend pas.

Shirou et Sakura sont toujours très proches, mais Sakura parle de cauchemars qu'elle fait régulièrement. Ces cauchemars semblent correspondre aux actions de l'ombre.
Sakura semble plus ou moins jalouse de l'attention porté à sa soeur Rin et Ilya par Shirou. De son côté, le bras gauche de Shirou lui fait très mal, mais il essaye de le controler au mieux.
Rin souhaite que Shirou tente d'en apprendre plus sur le Noble Phantasm d'Archer. Sans utiliser sa magie, si possible. Apparemment, c'était du Tracing.
Ilya parle de la lâme de joyaux que Rin voudrait Tracer. Elle sous-entend également que son idée pour éviter malgré tout d'utiliser les circuits d'Archer ne fonctionnera pas. Shirou aussi le sait.
La nuit, Sakura rêve de nouveau de l'ombre. L'ombre qui est attaquée par le Gate of Babylon de Gilgamesh. Et Sakura qui ressent la même douleur que l'ombre, et qui ne se réveille pas. Ce n'était pas un rêve ?
Gilgamesh est dévoré au moment même où il réalise que le GoB ne peut pas tuer l'ombre.

Shirou entrevoit de plus en plus de souvenirs du bras d'Archer, inclu le début de l'invocation pour l'Unlimited Blade Works et Caladbolg.
Il se demande également s'il pourra pardonner à Sakura la liste grandissante des noms des victimes de Sakura.
Finalement, Sakura entend Rin et Shirou discuter un peu trop amicalement à son goût, et mentionner la nécessité de la tuer.
Shirou, invité par True Assassin, rencontre Zouken, qui affirme qu'il n'est plus capable de relâcher Sakura : il a perdu contact avec le vers principal depuis un bon moment déjà.
Zouken donne également des explications sur le Graal et la Guerre, ainsi que sur les Einsbern//Makiri/Tohsaka, à Shirou. Il lui parle également de ce qui se trouve dans le Graal.
En fin de compte, Zouken explique à Shirou que le tuer ne mênerait plus nulle part, et que Sakura est désormais seule responsable de ce qui arrive.
Réveiller le Graal et ce qui dort dedans serait très mauvais.
Shirou discute avec Ilya, qui confirme et approfondit les explications.
La nuit venue, Shirou s'introduit dans la chambre de Sakura - mais en fin de comptes, il ne peut la tuer.
Sakura, éveillée, le voit partir, et décide d'arrêter Zouken elle-même. Elle utilise son dernier Sort de Commandes pour ordonner à Rider de protéger Shirou quoi qu'il arrive.

Shirou réalise que Kotomine devrait être au courant de ce qui se trouve dans le Graal, et va lui parler.
Effectivement, Kotomine n'a vraiment sauvé Sakura que pour lui permettre de donner naissance à angra Mainyu, "tout le mal de ce monde".
Il lui indique cependant qu'il peut lui rester une chance de détruire le Graal au moment de l'ouverture de la Porte, lorsque la Guerre sera déclarée terminée.
Finalement, il faut bien vaincre Zouken.
Sakura arrive à la résidence Matou et ne trouve que Shinji. Qui tente de la violer à nouveau.
Affolée, elle le tue, et quand elle s'en aperçoit, elle comprend qu'elle est perdue. Elle devient donc l'Ombre de sa propre volonté.
Lorsque Shirou retourne chez lui après être passé chez les Matou (trouvant Shinji mort) Sakura est là, déployant l'Ombre sur Rin et l'ensemble de la résidence Emiya.
C'est Rider qui sauve Shirou, conformément à l'ordre de Sakura.
Sakura s'en va avec Ilya, suivie de Black Saber.

Shirou et Kotomine s'introduisent au château Einsbern pour libérer Ilya. Poursuivis par Black Berserker et Assassin, ils se séparent.
Kotomine utilise un sort de purification directement sur l'âme de Zouken, et Shirou finit par retirer le suaire de Martin pour Tracer l'arme de Berserker et sa technique Nine Lives Blade works. 
Black Berserker est terrassé, mais shirou vient d'enclencher la bombe à retardement qui le tuera, pour sauver Ilya. Quelque chose se brise en lui.
De retour à la maison, Ilya donne de nouvelles explication sur Avenger (dont Sakura est visiblement devenue le Master), "tout le mal de ce monde", et le véritable Graal, la Troisiéme Magie, ainsi que sa position en tant que homoncule des Einsbern.
Viennent les préparation pour anéantir le Graal. Shirou, grâce à un souvenir datant de 200 ans gravée en Ilya, Trace la lâme de joyaux Zelretch, du nom de Kishua Zelretch Schweinorg, détenteur de la Seconde Magie.
Shirou perd des plus en plus la mémoire et se son corps se briser de plus en plus, il ne lui reste que peut de Tracing à faire.
Rin voit au passage le pendentif que Shirou avait conservé et fini par comprendre, demandant des comptes à Ilya qui le savait depuis le début.
Rider offre son soutient à Shirou, puisqu'il veut toujours sauveer Sakura. Il est de plus confiant que même avec Zelretch, Rin ne tuera pas Sakura.

Sakura déploie le Grand Graal, et se débarasse de Zouken et True Assassin.
Shirou et Rider tombent sur Black saber, qui laisse passer Rin sur ordre de Sakura.
Rider et Black Saber s'affrontent, et Shirou finit par porter assistance à Rider avec le Rho Aias d'Archer (possibilité d'utiliser Caladbolg également) pour lui permettre de vaincre Black Calibur avec Bellerophon.
Shirou finit par tuer Saber. C'est la voie qu'il a choisit, tuer les autres pour sauver Sakura.
Sakura envoie des géants d'ombre par douzaine sur Rin, qui contre avec Zelretch. Explication sur la Seconde Magie, Kaleidoscope.
Rin parvient à déstabiliser Sakura. Sakura était simplement jalouse, et personne ne la haissait. Si personne ne l'a aidée, c'est parce qu'elle n'avait rien dit. Rin aime toujours sa soeur.
Shirou les rejoint péniblement. Rin est à terre, et Sakura se débat contre Angra Mainyu qui tente de la restreindre.
Shirou Trace le Rule Breaker et la libère du pacte avec Avenger.
Les épées sont Tracées en grand nombre... à l'intérieur du corps de Shirou. Il est en train de mourir.
En chemin pour détruire le Graal avec un dernier Tracing, Shirou croise Kotomine. Combat à mains nues entre deux cadavres qui ne peuvent se permettre de dévier de la voie qu'ils ont choisie.
L'âme de Zouken se débat toujours furieusement, mais l'apparition d'Ilya dans la Dress of Heaven, en tant que Lizleihi Justicia von Einsbern.
Zouken finit par se souvenir de leur objectif d'origine, et accepte enfin la mort.
Le coeur noir que Kotomine avait reçu du Graal 10 ans plus tôt donne son dernier souffle. Shirou approche à nouveau le Graal, prêt à Tracer Excalibur.

TRUE END
Ilya l'interrompt, et se sert de la Troisième Magie des Einsbern pour matérialiser l'âme de Shirou hors de son corps mort.
Ilya ferme ensuite la Porte du Graal. Shirou est sauvé.
Epilogue
Deux ans plus tard, Rin revient de son séjour d'un an à l'association de magiciens du Big Ben.
Sakura est heureuse et ses cicatrices ont disparu, et Shirou, dans un corps qui est une imitation de l'original, a survécu.
Dernière série d'explications sur la Seconde et la Troisième Magie.

NORMAL END
Shirou Trace Excalibur. Son corps meurt à cet instant, et il détruit le Grand Graal et Angra Mainyu.
Epilogue
Sakura s'éveille d'un long rêve. Mais Shirou n'est pas là.
Les années passent, et Sakura attend le retour du Printemps pour tenir sa promesse avec Shirou.
Qui ne revient pas.
Les années passent et Sakura, fermant les yeux,  revoit enfin le jeune homme.