Après avoir invoqué Saber, Shirou l'empêche de frapper Archer la première nuit. Lorsque Berserker attaque Shirou et Saber, Archer leur porte assistance du haut d'un immeuble en tirant des volées de Broken Phantasms, et finit par mettre le feu à la moitié du cimetière.
Lorsque Shirou n'amène pas Saber à l'école, Rin s'énerve de voir que Shirou ne prend pas le danger de son rôle de Master au sérieux ; elle décide donc de le tuer. Le bruit du bombardement au Gand ressemble à une mitraillette.
Rider s'en mèle, et plante sa dague dans le bras de Shirou. Il est sauvé par Rin et Archer... Mais Archer provoque Shirou et Saber qui arrive. Rin et Archer partent.
Lorsque Rider active son kekkai Blood Temple.Blood Fort Andromeda, Kuzuki et Caster réagissent très vite et Kuzuki, aidé du Renforcement de Caster, broie la gorge de Rider, pendant que Caster invoque des séries de soldats-squelettes, les guerriers "crocs de dragon". Rin et Shirou trouvent Shinji, puis fuient.
La nuit venue, Shirou, manipulé par Caster, se rend au Ryuudouji : Caster bloque ses circuits Magiques et tente de le vider de sa maryoku, mais Archer, profitant que Saber occupe Assassin, vient sauver Shirou.
Caster vs Archer : Caster s'envole et bombarde Shirou et Archer de ses explosions de magie, et Archer et Shirou courent dans tous les sens, se rentrant dedans et s'insultant comme des idiots.
Archer finit par contrer Caster avec sa paire de lâme utilisée comme des boomerangs, puis fait diversion avec une Caladbolg tirée en Broken Phantasm, qu'il disperse avant explosion. Blessée, Caster atterrit, et Archer et là pour la recevoir. Il ne la tue pourtant pas, disant qu'il n'a pas envie de se battre pour l'instant.
Shinji se réfugie chez Kotomine et obtient l'aide de "Archer".

Rin suspecte Kuzuki d'être un Master, et prépare une ambuscade dans la rue le soir. Caster bloque le Gand de Rin, ce qui confirme son idée. Pendant le combat, Shirou Trace Kanshou et Bakuya.
Kuzuki dévoile son art du Serpent, qui change de direction et d'angle d'attaque en plein mouvement, avec lequel il donne du fil à retordre à Saber, parvenant à la frapper derrière la tête alors qu'il est face à elle. Caster et Kuzuki fuient.

Quand Rin et Shirou reviennent d'un rendez-vous, Caster a pris Taiga en otage. Saber tente de l'en tirer, mais Shirou l'arrête et active son second reijuu pour ne pas mettre Taiga en danger : Caster profite de l'occasion pour poignarder Saber de son Rule Breaker, rompant le contrat qui la lie à Shirou. Caster veut prendre Saber comme son Servant.
Shirou s'évanouit : Tracer Kanshou et Bakuya à répétition demande beaucoup d'énergie, surtout qu'il force l'activation d'un second Circuit Magique. Rin s'occupe de lui, et il découvre dans sa chambre le pendentif qu'Archer lui a rendu.
Il pense que Rin en avait deux, mais comprend que c'est elle qui l'a sauvé de l'attaque de Lancer.
Rin et Archer se rendent à l'église où se cachent Caster et Kuzuki pour sauver Saber ; Shirou se réveille et décide de les suivre - discrêtement.
Arrivé devant Caster... Archer s'avance et lui dit simplement qu'il est maintenant avec elle. Caster Rule Break Archer, rompant le contrat qui le lie à Rin. Cette dernière n'a d'autre choix que de faire demi-tour...
Shirou assiste à la scène, et voit que Kuzuki attend Rin à la sortie. Il intervient pour la sauver.
Kuzuki vs Shirou, Rin vs Caster : Rin ne fait pas le poids dans le combat de magie, mais surprend Caster... en la frappant du poing à la tête. Plusieur fois. Kuzuki cesse de détruire des séries de Kanshou et Bakuya pour arrêter Rin.
Archer parle à Caster et lui dit de les laisser partir ; Caster ne comprend pas ce qu'il souhaite, et Rin et Shirou s'éclipsent.
Sur le chemin du retour, Rin et Shirou s'arrête à côté du cimetière et discutent. Pourquoi Shirou l'a-t-il sauvée alors que le combat était perdu d'avance ? Shirou répond qu'il a reconnu le même pendentif que celui qu'il a ramené chez lui. Ce que Rin trouve très étrange, mais ne commente pas pour l'instant. Pour l'heure, Rin trouve étrange que Shirou donne plus de valeur dans la vie des autres que dans la sienne, même si elle apprécie.
Shirou lui parle de son idéal de sauver tous ceux qu'il peut. Il veut aussi la remercier de l'avoir ressuscité.

Le lendemain, Rin et Shirou décident de demander de l'aide à Ilya. Au château Einsbern, ils trouvent Berserker en train de se faire annihiler par le Enkidu de Gilgamesh. Shinji est aux commandes. Berserker se libère de la chaine au dernier moment pour sauveer Ilya, mais meurt de l'attaque. Gilgamesh arrache le coeur d'Ilya.
Gil s'en va, et Lancer arrive : lui les aidera contre l'équipe de Caster. Shirou est d'accord - à condition que Lancer ne touche pas à Rin. Rin s'énerve de l'entendre parler de façon si présomptueuse.
Rin, Shirou et Lancer retournent à l'église ; Archer les attend, et Lancer reste l'affronter. L'attaque aérienne de la Gae Bolg de Lancer est bloquée par le Rho Aias d'Archer.
Saber est là, et Rin parvient à créer un nouveau contrat avec elle. Arrive Archer. Et une pluie de lâme. Caster tente de protéger Kuzuki, et meurt. Kuzuki perd son enchantement, mais choisit de rester face à Archer. Archer le tranche en deux en un instant.
Archer mentait donc quand il disait s'allier à Caster. Mais il veut quand même tuer Shirou... ! Saber et Rin le défendent, et Archer active son Reality Marble.
Archer est capable de copier toute arme qu'il voit - il souligne qu'il connait l'épée sacrée de Saber. si elle s'en sert, il fera de même et le choc tuera tout le monde - inclu Rin et Shirou.
Archer menace Rin, et Shirou accepte la demande d'Archer : il prend Rin en otage, saber n'interviendra pas, et Shirou viendra affronter Archer en 1 contre 1 au château Einsbern quand il sera remit.
Au chpateau, Shinji arrive avec Gilgamesh, et réclame qu'Archer lui remette Rin. Archer refuse - pas tout de suite. Plus tard si ça te chante. Gilgamesh appelle Archer un "faker".

Le soir suivant, Shirou arrive pour affronter Archer. Rin, Shirou et Saber ont tous réalisé qui était vraiment Archer. Saber insiste pour assister au combat, pendant que Lancer ira récupérer Rin.
Quand Lancer la trouve, il frappe Shinji, et Kotomine arrive. Il est le dernier Master, et Lancer est son Servant.
Quand Lancer apprend que Kotomine a l'intention d'utiliser Rin comme réceptacle pour l'invocation du Graal, il s'énerve et refuse de la tuer. Il lui faudra utiliser son reijuu pour l'y forcer, ajoutant qu'il le tuera immédiatement après. Kotomine lui donne l'ordre de se suicider.
Alors que Kotomine s'approche de Rin, il est transpercé par Gae Bolg. La capacité "Battle Continuation" de Lancer lui permet de survivre quelques instants après un coup fatal. Shinji se moque du cadavre de Kotomine, mais est frappé par Rin puis par Lancer. Gilgamesh s'en balance, Shinji s'enfuie. Lancer fait ses adieux à Rin, puis met le feu au château avec sa Rune du Feu.
Le corps de Shirou subit de sévères dégâts en se forçant à Tracer toujours plus d'armes pour se défendre d'Archer.
Archer... Raconte sa vie. Son idéal de sauver autant de gens que possible. D'être un allié de la Justice. Il n'était que l'allié des hommes. Qui l'ont trahit. Shirou perçoit des fragments de visions et de rêves d'Archer - un champs de bataille dévasté.
Archer n'était qu'un nettoyeur. Après avoir fait un pacte avec le Monde pour sauver une centaine d'homme, il est devenu un "Counter Guardian" au service du Monde. Il voulait sauver des gens, mais s'est aperçu qu'il ne faisait qu'en tuer beaucoup plus qu'il n'en sauvait.
Effaré de voir ce à quoi l'a mené son rêve, il n'a plus pensé qu'à en finir. Son seul espoir était de tout miser sur l'infime, minuscule chance qu'il avait d'empêcher "Emiya Shirou" de devenir l'eirei "EMIYA".
Shirou refuse de perdre contre Archer. Contre n'importe qui, d'accord. Mais certainement pas contre lui-même.
Shirou réalise ce qu'Archer a traversé, ce à quoi ses idéaux l'ont mené. Mais Shirou ne bronche pas. Le chemin qu'il a choisi n'est définitivement pas une erreur. Archer finit par baisser son arme et laisse Shirou le transpercer de la sienne.
Arrive Gilgamesh, et une pluie de lâmes. Archer s'interpose et est transpercé de toute part.
Gilgamesh parle du Graal et d'Angra Mainyu, Tout le Mal du Monde, rien qu'une arme. Saber prend note. Rin demande pourquoi Gil voudrait rêgner sur un royaume vide. Le feu les rejoint, tout le monde se sépare.
Gilgamesh rattrape Shinji dans la forêt et lui plante le coeur d'Ilya, le Graal. Shinji devient le Graal.

La nuit, alors que Saber, Shirou et Rin préparent un plan de bataille, Shirou réalise que sa capacité à copier toute arme rien qu'en les voyant fait de lui le seul à pouvoir contrer Gilgamesh. Saber et son Noble Phantasm est la seule à pouvoir détruire le Graal. Shirou, par contre, doit se rendre à l'évidence : rien que Tracer Kanshou et Bakuya plusieurs fois de suite lui fait horriblement mal.
Rin lui parle du Reality Marble d'Archer, celui qu'ils ont vu à l'église. Elle est positive, il saura instinctivement s'en servir : c'est une représentation de son âme. Rin doit aussi lui expliquer comment il pourrait obtenir la maryoku suffisante pour ça. Shirou est très gêné. Mais finalement, Rin et Shirou s'aiment l'un l'autre, alors bon... Bon, en fin de compte, Shirou est pas un délicat ;_;
Plus tard dans la nuit, Saber fait promettre à Shirou que lui et Rin reviendront vivants.

Saber ira affronter Gilgamesh pendant que Shirou et Rin iront chercher le Graal. Quand ils l'auront, Shirou prendra la place de Saber avec son Reality Marble (oui, il aura la maryoku pour l'activer), et Saber détruira la Graal. Par contre, Rin explique à Shirou qu'elle a dû rationner la mana entre Shirou et Saber. Saber risque fort de ne pas survivre à un seul tir d'Excalibur...

Saber arrive au porte du Ryuudouji... Mais c'est Assassin qui l'attend. Où est Gilgamesh ?
Assassin est le protecteur du temple car l'homme qu'il était est lié à l'histoire du temple. Mais il disparaitra avant le matin. Il souhaite avoir un dernier combat contre Saber. C'est là son seul souhait et il n'a que faire du Graal. Ce combat est la seule raison à son existence ici et maintenant.
Shirou et Rin découvre une masse de chair diforme et longue de quelque 30 mêtres - le Graal. Ce dernier leur envoie des charges de malédiction dans la tête. Shirou et Rin reconnaissent Shinji au milieu, mais gilgamesh arrive. Mais qui Saber affronte-t-elle, alors... ? Gil est ennuyé que Saber ne soit pas là en fin de comptes.
Rin s'occupe du Graal et Shirou, de Gilgamesh. Celui-ci tire une épée dans sa direction, et Shirou réalise son premier Tracing à distance pour le contrer. Merci Rin. Shirou se la pète sévère face à Gilgamesh. Il parvient à tenir le rythme du Gate of Babylon, avec difficulté, certes. Gilgamesh l'appelle à nouveau un "faker", pendant que Shirou compte 17 armes Tracées. Mais la Ea que Gilgamesh révèle est visiblement bien au-delà de ses capacités...
Sasaki manque un Tsubame Gaeshi et succombe finalement à Saber, qui a révélé son épée en enlevant la barrière de vent qui l'entoure.
Shirou se défend comme il peut contre Kairiken, l'épée de désintégration. Même s'il est un faker, son corps est fait, après tout, de solides épées !  Gil range finalement Ea : il ne devrait pas l'utiliser contre un minable, mais la garder pour Saber. Gate of Babylon. Saber arrive et le défend, mais Shirou lui dit d'aller s'occuper du Graal. gilgamesh rie à nouveau de la folie de Shirou qui refuse l'aide de Saber, pendant que Shirou s'excuse envers Saber : il n'a pas su la sauver. Shirou compte maintenant une trentaine d'armes. C'est l'heure d'un Reality Marble...
Un Rho Aias complet protège Shirou contre le Gate of Babylon, pendant que Shirou chante l'incantation du Unlimited Blade Works. Roi des héros, as-tu assez d'armes ? Un monde désert, vide de toute vie, rempli uniquement d'épées à perte de vue. Les épées volent dans tous les sens, Shirou contrant systématiquement les armes du Gate of Babylon sitôt qu'elles sortent.
Rin a retrouvé Shinji dans le Graal, mais ne peut en sortir. Saber ne peut le détruire tant qu'ils sont à l'intérieur... Arrive Archer, qui bombarde le Graal. Avec Rin et Shinji toujours à l'intérieur :| bon, finalement, il ouvre une brêche qui les permet de sortir.
Saber Excalibrûle le Graal. C'est la fin de son combat. La réponse de Shirou à Archer lui a donné sa réponse à elle : sa volonté et l'idéal qu'elle avait en tirant Caliburn de la pierre n'étaient pas une erreur. Elle abandonne son souhait.
Shirou se libère face à Gilgamesh. Il a traversé le GoB, et le met à mal au corps à corps avec Kanshou et Bakuya. gil est fou de rage et commence à sortir Ea. Au corps à corps ? Très mauvaise idée, roi des héros ! Un coup de Kanshou tranche le bras de Gilgamesh !!
Soudain, le Reality Marble s'effrite. Et Gilgamesh commence à être aspiré de l'intérieur. Le Graal disparait, et reprend la vie qu'il a donnée à Gil. Pour fuir le trou noir qui l'aspire, Gil envoie sa chaine et s'accroche à Shirou. Archer revient et lui tire une lâme dans la tête. Le Graal et Gilgamesh disparaissent.

True End "Brilliant Years"
Vient le matin. Rin propose à Archer de créer un nouveau contrat avec elle. Mais Archer se sent bien. Il a fait ce qu'il avait à faire, et il a trouvé sa réponse.
Un mois plus tard, Issei est déçu que Kuzuki ait quitté le temple si vite, mais c'est dans l'ordre des choses, vu qu'il était arrivé tout aussi vite. Fujimura aussi est triste, ils semble qu'ils prenaient parfois le thé ensemble.
Rin prend grand plaisir à bien faire comprendre à Issei qu'elle et Shirou sont ensemble. Les filles, c'est des démons, c'est le mal ! Surtout Tohsaka Rin !
Rin et Shirou restent un peu après les cours. Rin pense aller à l'association de mages du Big Ben, à Londres. Elle pense qu'elle pourrait se permettre de prendre un apprenti, d'ailleurs.  ..... Pourquoi tu demandes si tu connais déjà la réponse, Rin ?

Fin alternative : Happy End "Sunny Day"
Certains choix au cours du scénario permettent d'accumuler suffisemment de points d'affection avec Saber. Si c'est le cas, elle peut survivre à son tir d'Excalibur sur le Graal. Rin explique simplement qu'elle est désormais considérée comme un "tsukaima" normal (entité spirituelle invoquée comme un démon familier). Saber n'est donc plus un Servant, depuis que Shirou lui a donné envie de vraiment rester. Elle a eu sa réponse et est d'accord pour rester dans cette époque.


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Epilogue : Answer
Archer, affrontant Shirou...
Ceux qu'il n'a pas pu sauver. Lui-même qu'il n'a pas pu sauver. Ce en quoi il croit, ce en quoi il croyait. Qu'est-il devenu, qu'était-il avant ?
Le garçon n'abandonne pas. Même s'il connait déjà le désespoir qu'il subira, s'il sait qu'il ne pourra pas gagner. Qu'il n'est pas assez fort. Tant pis. C'est la voie qu'il a choisie, son idéal. Un bel idéal. Son coeur était faux, il n'agissait que pour les autres plutôt que pour lui, mais son idéal était sublime.
Archer abaisse sa lâme.
"EMIYA" était maudit...
Mais son choix n'était pas une erreur.

[Note : je pense qu'il s'agit de la mémoire que garde Archer plutôt qu'un flashback... Il explique durant le combat que les résidents du Trône des Héros où vont les eireis ne gardent pas de souvenirs réels, mais voient les évènements comme s'ils les lisaient dans un livre, et risquent fortement de les oublier. Je pense que ceci est ce que le "véritable" EMIYA au Trône garde de son combat, la réponse qu'il ramène avec lui.]